Οι δραστηριότητες του Tομέα Οθωμανικής Ιστορίας υποστηρίζονται από την εξειδικευμένη σε θέματα τουρκολογικών και ισλαμολογικών σπουδών βιβλιοθήκη του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών. Η βιβλιοθήκη αυτή είναι μοναδική στο είδος και την έκτασή της στην Ελλάδα και εμπλουτίζεται διαρκώς. Ιδιαίτερα σημαντικό τμήμα της αποτελεί μέρος της προσωπικής βιβλιοθήκης του Victor Ménage, συνταξιούχου καθηγητή της Σχολής Ανατολικών και Αφρικανικών Σπουδών (School of Oriental and African Studies) του Πανεπιστημίου του Λονδίνου, το οποίο έχει αγοραστεί από το Ινστιτούτο Μεσογειακών Σπουδών και περιλαμβάνει πολλές σπάνιες εκδόσεις βιβλίων και περιοδικών τουρκολογικού ενδιαφέροντος. Πρόσφατα εξάλλου, η βιβλιοθήκη του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών εμπλουτίστηκε με τη δωρεά της προσωπικής βιβλιοθήκης της καθηγήτριας Ελισάβετ Ζαχαριάδου.

Ο Tομέας διαθέτει επίσης συλλογές μικροταινιών και ψηφιακών αρχείων πρωτογενούς οθωμανικού αρχειακού υλικού από διάφορα αρχεία της Ελλάδας. Το ΙΜΣ διαθέτει τη βιβλιοθήκη του και το αρχειακό υλικό των ερευνητικών του προγραμμάτων στους προπτυχιακούς και μεταπτυχιακούς φοιτητές του Πανεπιστημίου Κρήτης και άλλων πανεπιστημίων της Ελλάδας και του εξωτερικού, καθώς και γενικότερα σε κάθε ενδιαφερόμενο.

Με δωρεές βιβλίων έχουν ενισχύσει την τουρκολογική Βιβλιοθήκη του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών το Ινστιτούτο Ανατολικών Σπουδών του Πανεπιστημίου της Νάπολης, η Εταιρεία Ιστορικών Σπουδών της Γένοβας, το Κοινωφελές Ίδρυμα «Αλέξανδρος Σ. Ωνάσης», η Τράπεζα της Ελλάδας, η Νομαρχία Ρεθύμνου, το Τουρκικό Ίδρυμα Ιστορίας και η Τουρκική Πρεσβεία στην Αθήνα.