Το Αρχείο Οθωμανικής Ιστορίας του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών περιλαμβάνει, ανάμεσα σε υλικό που έχει συλλεχθεί από τα ερευνητικά προγράμματα του ομώνυμου τομέα, μια ψηφιακή συλλογή οθωμανικών σαλναμέδων (επετηρίδων) των βαλκανικών και νησιωτικών επαρχιών της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας που αφορούν το δεύτερο μισό του δέκατου ένατου αιώνα, καθώς και μικρή αρχειακή συλλογή των αρχών του 20ού αιώνα από τη Διεύθυνση Μουσουλμανικών Θρησκευτικών Ιδρυμάτων Ρεθύμνης (αποδείξεις πληρωμών).

Ψηφιακή συλλογή Σαλναμέδων
Χάρη στη χορηγία του Κοινωφελούς Ιδρύματος Αλέξανδρος Σ. Ωνάσης, η Βιβλιοθήκη του ΙΜΣ,  διαθέτει ψηφιακή συλλογή οθωμανικών σαλναμέδων (επετηρίδων) των βαλκανικών και νησιωτικών επαρχιών της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Πρόκειται για 87 τόμους του δεύτερου μισού του δέκατου ένατου αιώνα, οι οποίοι προσφέρουν πολύτιμες πληροφορίες για τις επαρχίες Αδριανούπολης, νησιών του Βορειοανατολικού Αιγαίου, Κρήτης, Θεσσαλονίκης, Ιωαννίνων και Μοναστηρίου (Μπίτολας).

Στο πλαίσιο ερευνητικών προγραμμάτων του ΙΜΣ με επιστημονικό υπεύθυνο τον Χρήστο Λούκο, έχει συγκεντρωθεί ένα πλούσιο υλικό από αρχεία, δημοσιευμένες πηγές, βιβλιογραφία, αποδελτιώσεις εφημερίδων κλπ. Αφορά ιδίως την Ερμούπολη αλλά και άλλες πόλεις και νησιά του ελληνικού κράτους κατά τον 19ο και 20ό αιώνα, τους πρόσφυγες από την Κρήτη κατά τον 19^ο αιώνα, το Ρέθυμνο, τη Μικρά Ασία, την Αθήνα της Κατοχής κλπ, και εντάσσεται στις θεματικές της ιστορίας των πόλεων, της οικογένειας, της δημογραφίας, των επιδημιών και της δημόσιας υγείας. Μεγάλο μέρος της πληροφόρησης του αρχειακού υλικού έχει τροφοδοτηθεί σε βάσεις δεδομένων, στις οποίες  πρόσβαση μπορεί να γίνει online από την ιστοσελίδα του ΙΜΣ-ΙΤΕ.

Το Αρχείο Οικονομικής και Κοινωνικής Ιστορίας του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών αποτελείται από αρχειακό υλικό που αφορά την οικονομική πολιτική του ελληνικού κράτους κατά τα μεταπολεμικά χρόνια, οικονομικά αρχεία των χρόνων της δικτατορίας 1967-74, ιδιωτικές αρχειακές συλλογές που σχετίζονται με ελληνικές βιομηχανικές και ναυτιλιακές επιχειρήσεις του δέκατου ένατου και του εικοστού αιώνα, θέματα της ιστορίας των πόλεων στην Ελλάδα κατά τον δέκατο ένατο και τον εικοστό αιώνα. Το συνολικό του μέγεθος, ξεπερνά τα 50.000 τεκμήρια (μεταξύ άλλων: υπηρεσιακά σημειώματα, οικονομικές εκθέσεις, αλληλογραφία, οικονομικά και υπηρεσιακά έγγραφα επιχειρήσεων). Επιπλέον το ΙΜΣ διαθέτει από παλιότερα προγράμματα αρχειακό υλικό σε ρωσική ιδίως γλώσσα (αλλά και σε τουρκική, αγγλική, γαλλική και ιταλική) για τις πόλεις-λιμάνια της Μαύρης Θάλασσας.

Συλλογή Ν.Ι. Μακαρέζου
Το ψηφιακό αντίγραφο της αρχειακής συλλογής του Νικόλαου Ι. Μακαρέζου, προϊόν οικογενειακής δωρεάς, περιέχει ποικίλα διοικητικά και οικονομικά έγγραφα (υπηρεσιακά σημειώματα, οικονομικές εκθέσεις κλπ.), διοικητική και υπηρεσιακή αλληλογραφία, εισερχόμενες και εξερχόμενες επιστολές, αποκόμματα τύπου κλπ., σχετικά με την οικονομική πολιτική του ελληνικού κράτους, την ελληνική ομογένεια κλπ. Η πλειονότητα των εγγράφων αφορά την επταετή δικτατορία, και κατ’ επέκταση τις δεκαετίες του 1960 και 1970. Το σύνολο των ψηφιοποιημένων φακέλων ανέρχεται σε περίπου 450 φακέλους που περιλαμβάνουν άνω των 25.000 εγγράφων.

Συλλογή οικονομικών αρχείων περιόδου Δικτατορίας (1967-1974)
Η συλλογή καλύπτει ολόκληρη την περίοδο της δικτατορίας των συνταγματαρχών με άξονα τρεις βασικές ενότητες: Η πρώτη ενότητα περιλαμβάνει οικονομικά και στατιστικά στοιχεία που φωτίζουν πτυχές της οικονομικής πολιτικής της περιόδου, με έμφαση στην κατάρτιση των προϋπολογισμών, τη φορολογική πολιτική, την εκβιομηχάνιση και τα δημόσια έργα. Η δεύτερη περιλαμβάνει στοιχεία για την περιφερειακή πολιτική, την αντιμετώπιση τοπικών θεμάτων και την οργάνωση της τοπικής διοίκησης. Η τρίτη ενότητα περιλαμβάνει πρακτικά υπουργικών συμβουλίων και έγγραφα σχετικά με τη δημοσιονομική κατάσταση, την πετρελαϊκή πολιτική, ον ελληνοτουρκικό ανταγωνισμό, καθώς και υπηρεσιακά σημειώματα, εκθέσεις και μελέτες για διάφορα άλλα θέματα.

Συλλογή Ευριδίκης Σιφναίου
Η Συλλογή Ευριδίκης Σιφναίου (1957–2015), διευθύντριας ερευνών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών, περιλαμβάνει τα αρχεία του εμπορικού και ναυτιλιακού οίκου αδελφών Σιφναίου, που είχαν ως βάση το Ταγανρόγ της Αζοφικής, στην Κωνσταντινούπολη, τη Μυτιλήνη και τον Πειραιά. Το υλικό της συλλογής αποτελεί προϊόν δωρεάς της οικογένειας, και, μεταξύ άλλων, περιλαμβάνει οικονομικά έγγραφα και κατάστιχα που αφορούν τις επιχειρήσεις της οικογένειας, τίτλους μετοχών, εμπορική και ιδιωτική αλληλογραφία της οικογένειας. Η αρχειακή συλλογή καλύπτει τη δράση τριών γενιών της οικογένειας Σιφναίου, από τη δεκαετία του 1840 μέχρι και τη δεκαετία του 1940. Αξιοποιώντας υλικό της συλλογής η Ευριδίκη Σιφναίου συνέγραψε το βιβλίο Έλληνες έμποροι στην Αζοφική. Η δύναμη και τα όρια της οικογενειακής επιχείρησης, Ινστιτούτο Νεοελληνικών Ερευνών, Εθνικό Ίδρυµα Ερευνών, 2009.

Συλλογή Σωτήρη Σοφιανόπουλου (βιομηχανία ΧΡΩΠΕΙ)
Η αρχειακή συλλογή Σωτήρη Σοφιανόπουλου (ΧΡΩΠΕΙ), προϊόν δωρεάς της οικογένειας, περιέχει περίπου 400 φακέλους με εταιρική αλληλογραφία, οικονομικά και υπηρεσιακά έγγραφα της ΧΡΩΠΕΙ, πίνακες χημικών αναλύσεων, τεχνικές μελέτες, ενημερωτικά φυλλάδια, αποκόμματα τύπου κλπ. Το χρονικό πλαίσιο αναφορά της πλειονότητας των εγγράφων είναι οι δεκαετίες του 1960 και 1970. Το αρχείο βρίσκεται υπό ταξινόμηση.

Το Αρχείο Ναυτιλιακής Ιστορίας του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών περιλαμβάνει χιλιάδες αρχειακά τεκμήρια σε έντυπη και ψηφιακή μορφή από συμβολαιογραφικά αρχεία, αρχεία ναυτιλιακών επιχειρήσεων, ναυτικών και πλοιάρχων από διάφορους ναυτότοπους της χώρας. Επίσης περιλαμβάνει ανάτυπα άρθρων, επιστημονικών ανακοινώσεων κλπ., σχετικά με τη ναυτιλιακή ιστορία.

Συλλογή Τζελίνας Χαρλαύτη
Η αρχειακή συλλογή της Τζελίνας Χαρλαύτη αποτελείται από τρία διακριτά σώματα: το αρχείο ναυτιλιακών επιχειρήσεων, το αρχείο επίσημων κρατικών πηγών και το αρχείο ναυτιλιακής και οικονομικής ιστορίας. Τα εν λόγω σώματα περιέχουν, μεταξύ άλλων, ημερολόγια και νηολόγια πλοίων του δέκατου ένατου και του εικοστού αιώνα, πληροφορίες για ναυτιλιακές οικογένειες διαφόρων ναυτότοπων του Ιονίου και του Αιγαίου, διάφορα δημοσιεύματα, περιοδικά και στατιστικούς πίνακες σχετικά με την κίνηση της εμπορικής ναυτιλίας, τα London Custom Reports (1840-1910) σε μικροφίλμ, ανάτυπα βρετανικών προξενικών αναφορών προς τη βρετανική διοίκηση, καθώς επίσης και ανάτυπα άρθρων, επιστημονικών ανακοινώσεων κλπ. σχετικά με τη ναυτιλιακή ιστορία. Το αρχείο βρίσκεται υπό ταξινόμηση.

Το Αρχείο Θεατρολογίας του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών περιλαμβάνει δύο αρχειακές συλλογές, οι οποίες αφορούν θεατρικές παραστάσεις του δέκατου ένατου και του εικοστού αιώνα, και οι οποίες αριθμούν πάνω από 250.000 τεκμήρια.

Δελτία θεατρικών παραστάσεων ελληνικών θιάσων
Η συλλογή αποτελείται από περίπου 250.000 δελτία σχετικά με θεατρικές παραστάσεις ελληνικών θιάσων του δέκατου ένατου και των αρχών του εικοστού αιώνα σε πόλεις της Ανατολικής Μεσογείου και Μαύρης Θάλασσας.

Θεατρικά προγράμματα & αφίσες θεατρικών παραστάσεων
Η αρχειακή συλλογή περιλαμβάνει πάνω από 2.000 θεατρικά προγράμματα του όψιμου εικοστού αιώνα, κυρίως από το 1960 και μετά, αλλά και έναν μικρό αριθμό προγραμμάτων του μεσοπολέμου ή και πιο πρώιμης περιόδου. Επίσης, περιλαμβάνει έναν μικρό αριθμό από αφίσες θεατρικών παραστάσεων.

Το Αρχείο Ιστορίας της Τέχνης του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών περιλαμβάνει συλλογές με φωτογραφίες καλλιτεχνικών έργων, διαφάνειες, αποκόμματα, φωτοτυπημένα άρθρα, αφίσες και προσκλήσεις εκθέσεων σχετικά με τον Δομήνικο Θεοτοκόπουλο. Επιπλέον, έχουν συγκεντρωθεί, στο πλαίσιο ερευνητικού προγράμματος για τη Δυτική τέχνη στην Κρήτη, μικροφίλμ εικονογραφημένων χειρογράφων που δημιουργήθηκαν στην Κρήτη την εποχή της βενετικής κυριαρχίας.

Φωτογραφίες & διαφάνειες
Η συλλογή περιλαμβάνει φωτογραφίες με έργα του Δ. Θεοτοκόπουλου, οι οποίες είναι αρχειοθετημένες θεματικά.

Διαφάνειες
Η συλλογή περιλαμβάνει διαφάνειες σχετικά με το έργο του Δ. Θεοτοκόπουλου, αλλά και την Ιταλική, Ισπανική τέχνη γενικότερα.

Αποκόμματα & φωτοτυπημένα άρθρα
Η συλλογή περιλαμβάνει αποκόμματα και φωτοτυπημένα άρθρα από τον ημερήσιο και περιοδικό τύπο, καθώς επίσης και αποσπάσματα από βιβλία, κυρίως του εικοστού αιώνα, τα οποία σχετίζονται με τον Δομήνικο Θεοτοκόπουλο.

Αφίσες & προσκλήσεις
Η συλλογή περιλαμβάνει αφίσες και προσκλήσεις που προέρχονται από εκθέσεις για το Δομήνικο Θεοτοκόπουλο, οι οποίες έχουν διοργανωθεί από το ΙΜΣ.

Το Αρχείο Αμαργιανάκη είναι το  μουσικολογικό αρχείο του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας.

Το αρχείο αντιστοιχεί στα παραδοτέα των τεσσάρων μεγάλων ερευνητικών προγραμμάτων στα οποία επιστημονικός υπεύθυνος ήταν ο καθηγητής Εθνομουσικολογίας Γεώργιος Αμαργιανάκης (1938-2003): 

1. Ελληνική Παραδοσιακή Μουσική (ΙΜΣ-ΙΤΕ (ΕΚΕΚ)/ 1986-1990)
2. Μεσογειακά Ολοκληρωμένα Προγράμματα (Μ.Ο.Π.) (1991-1994)
3. Θαλήτας (ΓΓΕΤ- ΕΠΕΤ ΙΙ / 1994-1999) (ΙΜΣ, ΤΜΗΜΑ ΜΟΥΣΙΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ ΕΚΠΑ)
4. Crinno Music II (Περιφέρεια Κρήτης- CRINNO / 2000-2006)

Ο κοινός άξονας όλων των προγραμμάτων είναι η καταγραφή της παραδοσιακής μουσικής (ηχογράφηση και βίντεο, παρτιτούρα) στο πεδίο ή σε στούντιο.

Η έρευνα έχει δώσει βάρος στην καταγραφή της κρητικής παραδοσιακής μουσικής και έχει αφήσει παρακαταθήκη πολύτιμο αρχειακό υλικό σε αναλογική και ψηφιακή μορφή, όπως:

• δύο μεγάλα ερευνητικά προγράμματα για το βιολί και τη λύρα, Θαλήτα και Crinno Music 2 αντίστοιχα, που περιλαμβάνουν έναν πλούτο ταξινομημένης πληροφορίας από απομαγνητοφωνημένες συνεντεύξεις, βιογραφικά στοιχεία, φωτογραφίες και βιντεοσκοπημένες ηχογραφήσεις μουσικών της Κρήτης.
• μουσικές καταγραφές (ηχογραφήσεις) της δεκαετίας του 1980 σε μπομπίνες 
• ντοκιμαντέρ της δεκαετίας του 1990 που δίνουν ένα ευρύτερο στίγμα για τον πολιτισμό της Κρήτης, 

Το Αρχείο Νεότερης Ελληνικής Φιλολογίας του Ινστιτούτο Μεσογειακών Σπουδών είναι προϊόν του ερευνητικού προγράμματος «Αρχείο Νεοελληνικής Μετρικής», το οποίο ξεκίνησε τον Ιανουάριο του 1990 και ολοκληρώθηκε τον Απρίλιο του 1997. Το αρχείο αποτελείται από 50 ντοσιέ με βιβλιογραφικά λήμματα.

Αρχείο Νεοελληνικής Μετρικής
Το αρχείο αποτελείται από 50 μεγάλα ντοσιέ, όπου είναι ταξινομημένα τα λήμματα της βιβλιογραφίας σε φωτοτυπική ή έντυπη μορφή. Η Βιβλιογραφία καταγράφει τα κείμενα, που εν όλω ή εν μέρει, αναφέρονται σε νεοελληνικά μετρικά θέματα, κατά τρόπο γενικό ή ειδικό. Είτε δηλαδή τα κείμενα αυτά, εξετάζουν γενικά, ένα ή περισσότερα θέματα, αυτά καθαυτά στην ιστορική διαχρονία ή σε μία φάση της εξέλιξής τους, είτε αναφέρονται ειδικά στην υφολογική και ρυθμολογική λειτουργία ποιητικών (έμμετρων) κειμένων, ενός ή περισσοτέρων συγκεκριμένων Ελλήνων ποιητών (σπανίως και ξένων).

Η Βιβλιοθήκη του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών διαθέτει αρχείο ελληνικών και ξένων εφημερίδων του δέκατου ένατου και του εικοστού αιώνα σε μικροφίλμ.