Το Iνστιτούτο Mεσογειακών Σπουδών έχει δημιουργήσει εξειδικευμένη βιβλιοθήκη ισλαμικών και τουρκικών σπουδών, μοναδική στο είδος της και σε έκταση στη χώρα μας. Ιδιαίτερα σημαντικό τμήμα της αποτελεί η προσωπική βιβλιοθήκη του Victor Menage, καθηγητή της Σχολής Ανατολικών και Αφρικανικών Σπουδών (School of Oriental and African Studies) του Πανεπιστημίου του Λονδίνου, με πολλές σπάνιες εκδόσεις βιβλίων και περιοδικών τουρκολογικού ενδιαφέροντος.

Η βιβλιοθήκη χρηματοδοτήθηκε αρχικά από το Σχέδιο Περιφερειακής Ανάπτυξης και για την διετία 1996-1998 από το Πρόγραμμα Eνίσχυσης Bιβλιοθηκών Eρευνητικών Kέντρων EΠET II. Στη συνέχεια εμπλουτίστηκε με δωρεές από την Eταιρεία Iστορικών Mελετών της Γένοβας, το Πανεπιστημιακό Iνστιτούτο Aνατολικών Σπουδών της Nάπολης, την Tουρκική Πρεσβεία της Aθήνας και το Τουρκικό Ίδρυμα Ιστορίας, το Κοινωφελές Ίδρυμα «Αλέξανδρος Σ. Ωνάσης», την Νομαρχία Ρεθύμνης, του Κέντρου Νεοελληνικών Ερευνών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών, του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών και Μελετών «Ελευθέριος Κ. Βενιζέλος», κ.α.

Η Βιβλιοθήκη εμπλουτίζεται συνεχώς με αγορές νέων βιβλίων αλλά και με δωρεές η παραχωρήσεις.

Στο πλαίσιο του ΙΜΣ λειτουργεί, επίσης, βιβλιοθήκη εξειδικευμένη στο έργο του Δομήνικου Θεοτοκόπουλου, την ιταλική (κυρίως βενετσιάνικη και ρωμαϊκή) ζωγραφική του 16ου και την ισπανική τέχνη του 16ου-19ου αι., εμπλουτισμένη από μοναδικά περιοδικά στην Eυρώπη, τα οποία αγοράσθηκαν με χρηματοδότηση του Iδρύματος Λεβέντη, από δωρεές του Yπουργείου Πολιτισμού της Ισπανίας, την Ισπανική Πρεσβεία στην Αθήνα καθώς και του Zentralinstitut του Mονάχου.

Τέλος, σε προκαταρκτικό στάδιο συγκρότησης, βρίσκεται τμήμα της βιβλιοθήκης εξειδικευμένο σε θέματα ιστορίας και μεθοδολογίας της αρχαιολογίας και αρχαιολογικής νομοθεσίας, έτσι ώστε το IMΣ να είναι σύντομα σε θέση να προσφέρει σε ενδιαφερόμενους μεταπτυχιακούς φοιτητές, αλλά και άλλους ερευνητές (αρχαιολόγους, ιστορικούς, διπλωμάτες), τη δυνατότητα ενασχόλησης με παρόμοιου χαρακτήρα θέματα.

Η προσωπική βιβλιοθήκη της Ιστορικού Ελισάβετ Α. Ζαχαριάδου

Την προσωπική της συλλογή δώρισε, στη βιβλιοθήκη του ΙΜΣ, η καθηγήτρια-ιστορικός Ελισάβετ Α. Ζαχαριάδου, εκ των ιδρυτικών μελών του Ινστιτούτου, η οποία περιλαμβάνει μεγάλο αριθμό εκδόσεων οθωμανολογικού, νεοελληνιστικού και βυζαντινολογικού ενδιαφέροντος. Η συλλογή περιλαμβάνει πάνω από 1300 τίτλους βιβλιών, περιοδικών καθώς και σημαντικό αριθμό ανατύπων.   

Ναυτιλιακή Ιστορία

Η Βιβλιοθήκη Ναυτιλιακής Ιστορίας ξεκίνησε το 2013 με σκοπό να εμπλουτίσει τις θεματικές κατηγορίες της Βιβλιοθήκης του ΙΜΣ/ΙΤΕ. Περιλαμβάνει μονογραφίες, συλλογικά έργα και επιστημονικά περιοδικά που καλύπτουν ποικίλες θεματικές της Ναυτιλιακής Ιστορίας, αλλά επεκτείνονται και πέρα από αυτές.

Η ναυτική τεχνολογία, η ναυπηγική βιομηχανία, οι ναυτιλιακές επιχειρήσεις, η ιστορία των λιμανιών, η ιστορία των θαλασσών,  η ναυτική εργασία, το πολεμικό ναυτικό, οι ναυτικές κοινότητες, οι έμφυλες σχέσεις στις ναυτικές οικογένειες αποτελούν θεματικές που καλύπτει η εν λόγω βιβλιοθήκη. Στην περιφέρεια αυτών των θεματικών, αλλά επίσης σημαντικά συγκαταλέγονται βιβλία περιβαλλοντικής ιστορίας, ιστορίας του αστικού χώρου, παγκόσμιας και εθνικής ιστορίας (π.χ. Ρωσικής Ιστορίας), ακόμη και σημαντικά συλλογικά έργα γενικού χαρακτήρα, όπως The Oxford Encyclopaedia of Early Modern European History. Η συλλογή Ναυτιλιακής Ιστορίας περιλαμβάνει βιβλία σε διάφορες γλώσσες, ελληνικά, αγγλικά, γαλλικά, ιταλικά, ισπανικά κλπ. και χρηματοδοτείται από ερευνητικά προγράμματα του ΙΜΣ/ΙΤΕ (ΕΛΙΣΤΟΚΑΙΝΟ, SeaLiT) καθώς και από δωρεές συνεργαζόμενων ακαδημαϊκών φορέων (π.χ. Πανεπιστήμιο Βαρκελώνης).

Σκοπός της Βιβλιοθήκης Ναυτιλιακής Ιστορίας είναι να καλύψει το de facto κενό μιας εξειδικευμένης βιβλιοθήκης στο συγκεκριμένο πεδίο στην Ελλάδα και να αποτελέσει διεθνή πόλο έλξης ερευνητών που ασχολούνται με ποικίλες όψεις της ναυτιλιακής ιστορίας.