Το Αρχείο Οικονομικής και Κοινωνικής Ιστορίας του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών αποτελείται από αρχειακό υλικό που αφορά την οικονομική πολιτική του ελληνικού κράτους κατά τα μεταπολεμικά χρόνια, οικονομικά αρχεία των χρόνων της δικτατορίας 1967-74, ιδιωτικές αρχειακές συλλογές που σχετίζονται με ελληνικές βιομηχανικές και ναυτιλιακές επιχειρήσεις του δέκατου ένατου και του εικοστού αιώνα, θέματα της ιστορίας των πόλεων στην Ελλάδα κατά τον δέκατο ένατο και τον εικοστό αιώνα. Το συνολικό του μέγεθος, ξεπερνά τα 50.000 τεκμήρια (μεταξύ άλλων: υπηρεσιακά σημειώματα, οικονομικές εκθέσεις, αλληλογραφία, οικονομικά και υπηρεσιακά έγγραφα επιχειρήσεων). Επιπλέον το ΙΜΣ διαθέτει από παλιότερα προγράμματα αρχειακό υλικό σε ρωσική ιδίως γλώσσα (αλλά και σε τουρκική, αγγλική, γαλλική και ιταλική) για τις πόλεις-λιμάνια της Μαύρης Θάλασσας.
Συλλογή Ν.Ι. Μακαρέζου
Το ψηφιακό αντίγραφο της αρχειακής συλλογής του Νικόλαου Ι. Μακαρέζου, προϊόν οικογενειακής δωρεάς, περιέχει ποικίλα διοικητικά και οικονομικά έγγραφα (υπηρεσιακά σημειώματα, οικονομικές εκθέσεις κλπ.), διοικητική και υπηρεσιακή αλληλογραφία, εισερχόμενες και εξερχόμενες επιστολές, αποκόμματα τύπου κλπ., σχετικά με την οικονομική πολιτική του ελληνικού κράτους, την ελληνική ομογένεια κλπ. Η πλειονότητα των εγγράφων αφορά την επταετή δικτατορία, και κατ’ επέκταση τις δεκαετίες του 1960 και 1970. Το σύνολο των ψηφιοποιημένων φακέλων ανέρχεται σε περίπου 450 φακέλους που περιλαμβάνουν άνω των 25.000 εγγράφων.
Συλλογή οικονομικών αρχείων περιόδου Δικτατορίας (1967-1974)
Η συλλογή καλύπτει ολόκληρη την περίοδο της δικτατορίας των συνταγματαρχών με άξονα τρεις βασικές ενότητες: Η πρώτη ενότητα περιλαμβάνει οικονομικά και στατιστικά στοιχεία που φωτίζουν πτυχές της οικονομικής πολιτικής της περιόδου, με έμφαση στην κατάρτιση των προϋπολογισμών, τη φορολογική πολιτική, την εκβιομηχάνιση και τα δημόσια έργα. Η δεύτερη περιλαμβάνει στοιχεία για την περιφερειακή πολιτική, την αντιμετώπιση τοπικών θεμάτων και την οργάνωση της τοπικής διοίκησης. Η τρίτη ενότητα περιλαμβάνει πρακτικά υπουργικών συμβουλίων και έγγραφα σχετικά με τη δημοσιονομική κατάσταση, την πετρελαϊκή πολιτική, ον ελληνοτουρκικό ανταγωνισμό, καθώς και υπηρεσιακά σημειώματα, εκθέσεις και μελέτες για διάφορα άλλα θέματα.
Συλλογή Ευριδίκης Σιφναίου
Η Συλλογή Ευριδίκης Σιφναίου (1957–2015), διευθύντριας ερευνών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών, περιλαμβάνει τα αρχεία του εμπορικού και ναυτιλιακού οίκου αδελφών Σιφναίου, που είχαν ως βάση το Ταγανρόγ της Αζοφικής, στην Κωνσταντινούπολη, τη Μυτιλήνη και τον Πειραιά. Το υλικό της συλλογής αποτελεί προϊόν δωρεάς της οικογένειας, και, μεταξύ άλλων, περιλαμβάνει οικονομικά έγγραφα και κατάστιχα που αφορούν τις επιχειρήσεις της οικογένειας, τίτλους μετοχών, εμπορική και ιδιωτική αλληλογραφία της οικογένειας. Η αρχειακή συλλογή καλύπτει τη δράση τριών γενιών της οικογένειας Σιφναίου, από τη δεκαετία του 1840 μέχρι και τη δεκαετία του 1940. Αξιοποιώντας υλικό της συλλογής η Ευριδίκη Σιφναίου συνέγραψε το βιβλίο Έλληνες έμποροι στην Αζοφική. Η δύναμη και τα όρια της οικογενειακής επιχείρησης, Ινστιτούτο Νεοελληνικών Ερευνών, Εθνικό Ίδρυµα Ερευνών, 2009.
Συλλογή Σωτήρη Σοφιανόπουλου (βιομηχανία ΧΡΩΠΕΙ)
Η αρχειακή συλλογή Σωτήρη Σοφιανόπουλου (ΧΡΩΠΕΙ), προϊόν δωρεάς της οικογένειας, περιέχει περίπου 400 φακέλους με εταιρική αλληλογραφία, οικονομικά και υπηρεσιακά έγγραφα της ΧΡΩΠΕΙ, πίνακες χημικών αναλύσεων, τεχνικές μελέτες, ενημερωτικά φυλλάδια, αποκόμματα τύπου κλπ. Το χρονικό πλαίσιο αναφορά της πλειονότητας των εγγράφων είναι οι δεκαετίες του 1960 και 1970. Το αρχείο βρίσκεται υπό ταξινόμηση.