Το Αρχείο Ναυτιλιακής Ιστορίας του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών περιλαμβάνει χιλιάδες αρχειακά τεκμήρια σε έντυπη και ψηφιακή μορφή από συμβολαιογραφικά αρχεία, αρχεία ναυτιλιακών επιχειρήσεων, ναυτικών και πλοιάρχων από διάφορους ναυτότοπους της χώρας. Επίσης περιλαμβάνει ανάτυπα άρθρων, επιστημονικών ανακοινώσεων κλπ., σχετικά με τη ναυτιλιακή ιστορία.

Συλλογή Τζελίνας Χαρλαύτη
Η αρχειακή συλλογή της Τζελίνας Χαρλαύτη αποτελείται από τρία διακριτά σώματα: το αρχείο ναυτιλιακών επιχειρήσεων, το αρχείο επίσημων κρατικών πηγών και το αρχείο ναυτιλιακής και οικονομικής ιστορίας. Τα εν λόγω σώματα περιέχουν, μεταξύ άλλων, ημερολόγια και νηολόγια πλοίων του δέκατου ένατου και του εικοστού αιώνα, πληροφορίες για ναυτιλιακές οικογένειες διαφόρων ναυτότοπων του Ιονίου και του Αιγαίου, διάφορα δημοσιεύματα, περιοδικά και στατιστικούς πίνακες σχετικά με την κίνηση της εμπορικής ναυτιλίας, τα London Custom Reports (1840-1910) σε μικροφίλμ, ανάτυπα βρετανικών προξενικών αναφορών προς τη βρετανική διοίκηση, καθώς επίσης και ανάτυπα άρθρων, επιστημονικών ανακοινώσεων κλπ. σχετικά με τη ναυτιλιακή ιστορία. Το αρχείο βρίσκεται υπό ταξινόμηση.