Στο ΙΜΣ λειτουργεί βιβλιοθήκη εξειδικευμένη σε δύο κυρίως τομείς. Ο ένας αφορά τη δημιουργία βιβλιοθήκης αφιερωμένης στο έργο του Θεοτοκόπουλου, την ιταλική (κυρίως βενετσιάνικη και ρωμαϊκή) ζωγραφική του 16ου και την ισπανική του 16ου-20ού αιώνα. Η βιβλιοθήκη είναι ήδη εμπλουτισμένη με μοναδικά, για την Ελλάδα, περιοδικά που αγοράσθηκαν με χρηματοδότηση του Ιδρύματος Αναστασίου Γ. Λεβέντη, την Εταιρεία 3Ε και από δωρεές του Υπουργείου Πολιτισμού της Ισπανίας όπως και του Zentralinstitut του Μονάχου.
Επίσης στη βιβλιοθήκη υπάρχουν, από δωρεές και αγορές, σημαντικές μονογραφίες για τον Θεοτοκόπουλο καθώς και κατάλογοι των μεγαλύτερων εκθέσεων που οργανώθηκαν στην Ελλάδα και το εξωτερικό.