Το Αρχείο Ιστορίας της Τέχνης του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών περιλαμβάνει συλλογές με φωτογραφίες καλλιτεχνικών έργων, διαφάνειες, αποκόμματα, φωτοτυπημένα άρθρα, αφίσες και προσκλήσεις εκθέσεων σχετικά με τον Δομήνικο Θεοτοκόπουλο. Επιπλέον, έχουν συγκεντρωθεί, στο πλαίσιο ερευνητικού προγράμματος για τη Δυτική τέχνη στην Κρήτη, μικροφίλμ εικονογραφημένων χειρογράφων που δημιουργήθηκαν στην Κρήτη την εποχή της βενετικής κυριαρχίας.

Φωτογραφίες & διαφάνειες
Η συλλογή περιλαμβάνει φωτογραφίες με έργα του Δ. Θεοτοκόπουλου, οι οποίες είναι αρχειοθετημένες θεματικά.

Διαφάνειες
Η συλλογή περιλαμβάνει διαφάνειες σχετικά με το έργο του Δ. Θεοτοκόπουλου, αλλά και την Ιταλική, Ισπανική τέχνη γενικότερα.

Αποκόμματα & φωτοτυπημένα άρθρα
Η συλλογή περιλαμβάνει αποκόμματα και φωτοτυπημένα άρθρα από τον ημερήσιο και περιοδικό τύπο, καθώς επίσης και αποσπάσματα από βιβλία, κυρίως του εικοστού αιώνα, τα οποία σχετίζονται με τον Δομήνικο Θεοτοκόπουλο.

Αφίσες & προσκλήσεις
Η συλλογή περιλαμβάνει αφίσες και προσκλήσεις που προέρχονται από εκθέσεις για το Δομήνικο Θεοτοκόπουλο, οι οποίες έχουν διοργανωθεί από το ΙΜΣ.