Οι ερευνητικές ομάδες του τομέα της Ιστορίας των πόλεων, της διασποράς και μετανάστευσης της Μεσογείου και της Μαύρης Θάλασσας έχουν επικεντρωθεί στη νεότερη ιστορία, αλλά στόχος είναι να αναπτυχθούν και στην αρχαία, βυζαντινή και ενετική ιστορία. Οι ερευνητικές ομάδες που θα ειδικεύονται στους αρχαίους πολιτισμούς θα μελετούν θέματα τα οποία έχουν απήχηση και στη σύγχρονη εποχή, όπως οι μετακινήσεις πληθυσμών, οι θεσμοί, τα πολιτεύματα κλπ.

Μέχρι τώρα η έρευνα έχει κινηθεί σε τρεις άξονες ανάπτυξης. Πρώτον, γίνεται έρευνα στην αστική εξέλιξη και στο οικιστικό πλέγμα των νησιών, των παραθαλάσσιων περιοχών καθώς και στη σχέση πόλης-υπαίθρου. Δεύτερον στην πληθυσμιακή εξέλιξη, τον κοινωνικό καταμερισμό της εργασίας, τη κοινωνική διαστρωμάτωση και τις κοινωνικές σχέσεις στις πόλεις. Τρίτον έχει ασχοληθεί με το ζήτημα της διασποράς στην Ανατολική Μεσόγειο και τη Μαύρη Θάλασσα και των μεταναστευτικών και προσφυγικών μετακινήσεων μέσα και πέρα από τον χώρο της Μεσογείου. Διεξάγει συστηματική έρευνα στα αρχεία των πόλεων και των νησιών του Αιγαίου, του Ιονίου και της Μαύρης Θάλασσα καθώς και της ελληνικής διασποράς ανά τον κόσμο.

Οι ερευνητικές ομάδες έχουν επεξεργαστεί μεγάλο όγκο αρχειακού υλικού δημιουργώντας βάσεις δεδομένων προσβάσιμες από τον ιστότοπο του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών και το Δικτυακό Αρχείο Ιστορίας και Πολιτισμού για δημοτολόγια, απογραφές, φορολογικούς και εκλογικούς καταλόγους πόλεων, και μεταναστεύσεις συνολικού όγκου άνω των 150.000 εγγραφών. Επίσης προβλέπεται, σε συνεργασία με Πανεπιστημιακά Τμήματα, η διαμόρφωση και διεξαγωγή Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών και Διδακτορικών Σπουδών.