Η γνώση μας για την «εσωτερική ιστορία» ιστορικών οντοτήτων όπως το ύστερο Βυζάντιο και η πρώιμη οθωμανική περίοδος υπολείπεται ακόμη από το να θεωρηθεί επαρκής, αφού οι κοινωνικές πραγματικότητες που υφίσταντο στις επιμέρους περιοχές του ελλαδικού χώρου κατά τις περιόδους αυτές είναι αποσπασματικά μόνο γνωστές ή και εν πολλοίς άγνωστες. Το προτεινόμενο ερευνητικό πρόγραμμα φιλοδοξεί να αποκαταστήσει αυτή την αποσπασματική εικόνα παρέχοντας με ευσύνοπτο και συγκεντρωτικό τρόπο όλη την ιστορική πληροφόρηση που μπορεί να συγκεντρωθεί από δημοσιευμένες και αδημοσίευτες πηγές, την υφιστάμενη βιβλιογραφία και τα αρχαιολογικά τεκμήρια για μείζονες επιμέρους περιοχές του ελλαδικού χώρου.
Το διαρκές αυτό πρόγραμμα συνεχίζει τη μελέτη της Ιστορίας της Μαύρης Θάλασσας που ξεκίνησε με το πρόγραμμα «Μαύρη Θάλασσα και πόλεις λιμάνια από τον 18οέως τον 20ό αιώνα.».
Το πρόγραμμα ByHeriNet στοχεύει στη δημιουργία ενός δικτύου συνεργασίας για τη διατήρηση και ανάδειξη της Βυζαντινής Πολιτιστικής Κληρονομιάς.
Το Πρόγραμμα Τουρκικών Σπουδών συμμετείχε στο έργο της Ψηφιακής Κρήτης δημιουργώντας ένα σύστημα πολιτιστικών πληροφοριών για την Κρήτη στα χρόνια των Οθωμανών.
Το έργο αποτελεί το πρώτο νεοελληνικό πρόγραμμα που προσπάθησε να διερευνήσει το χώρο της θεατρικής 'πρωτοπορίας'. Κατά τη διάρκεια της προγράμματος δημιουργήθηκε ένα αρχείο ιστορικών τεκμηρίων (που ενσωματώνεται αυτή την εποχή σταδιακά στο βασικό πρόγραμμα της Ιστορίας του νεοελληνικού θεάτρου)
Σκοπός του έργου ήταν η οργάνωση του αρχειακού υλικού του Οθωμανικού Αρχείου Χανίων, ώστε να καταστεί προσιτό στην έρευνα. Το αρχείο περιλαμβάνει οθωμανικούς, ελληνικούς, δίγλωσσους κώδικες και λυτά έγγραφα, που χρονολογούνται κυρίως στο δεύτερο μισό του 19ου αιώνα.
Το έργο ΕΛΙΣΤΟΚΑΙΝΟ είχε σκοπό μέσα από μια διεπιστημονική προοπτική να συμβάλει στην κατανόηση του ζητήματος της καινοτομίας στην Ελλάδα μελετώντας στη διαχρονία όψεις της ελληνικής εμπειρίας στον τομέα αυτόν. Η έρευνα της καινοτομίας αποτελεί ένα νέο πεδίο της κοινωνικής ιστορίας και το ΙΜΣ στοχεύει με την ολοκλήρωση της έρευνας να έχει εγγράψει το στίγμα του στο διεθνή επιστημονικό χάρτη σε αυτήν τη θεματική και να αυξήσει τους τομείς στους οποίους έχει κατακτήσει επιστημονική και ερευνητική αριστεία.
Στόχος του έργου είναι η δημιουργία ιστορικών ναυτιλιακών στατιστικών καθώς και στατιστικών εισαγωγών και εξαγωγών σιτηρών για όλα τα υπό εξέταση λιμάνια της Μαύρης Θάλασσας.
Στόχος του προγράμματος είναι η δημιουργία δυναμικών εργαλείων για την προστασία της πολιτισμικής κληρονομιάς , η μελέτη και αποτύπωση θαλάσσιων και χερσαίων διαδρομών της "Μεγάλης Ελλάδας" και η προώθηση αναβαθμισμένων τουριστικών υπηρεσιών.
Το ερευνητικό πρόγραμμα επιχείρησε να εντοπίσει και να μελετήσει τις μεταφράσεις και διασκευές στα ελληνικά των γαλλικών μελοδραμάτων που καταρχήν ανεβαίνουν από τους ελληνικούς θιάσους κυρίως κατά τον 19ο αιώνα. Αποδελτιώθηκαν οι βιβλιογραφίες των ελληνικών εκδόσεων, γενικές και ειδικές μελέτες για τις μεταφράσεις του 19ου αιώνα, παραρτήματα και παραστασιογραφίες του θεάτρου της εποχής. Επίσης, έγινε έρευνα στο Θεατρικό Μουσείο για την καταγραφή εκδόσεων και χειρογράφων, στο ΕΛΙΑ/ΜΙΕΤ, στην Εθνική Βιβλιοθήκη, τη Γεννάδειο Βιβλιοθήκη, τη British Library και στην ηλεκτρονική βάση της BNF.
Στο πλαίσιο του προγράμματος μεταφράστηκε και σχολιάστηκε ο οθωμανικός κώδικας αρ. 120 του Τουρκικού Αρχείου Ηρακλείου.
Το ενετικό κτηματολόγιο της Βοστίστας του 1700 είναι το πρώτο κτηματολόγιο στον ελλαδικο χώρο και εκδόθηκε υποδειγματικά από τους Ντόκο και Παναγόπουλο το 1993. Δεν έτυχε όμως επεξεργασίας με ΓΣΠ. Στόχος του προγράμματος ήταν αρχικά η δημιουργία μιας Βάσης Δεδομένων και, στη συνέχεια, η διερεύνηση της ποιότητας της κτηματολογικής προσπάθειας των Ενετών. Τα αποτελέσματα ήταν εξαιρετικά ικανοποιητικά και χάρη στη συνδρομη του Εργαστηρίου στάθηκε δυνατόν να επεξεργαστούμε χαρτογραφικά το κτηματολόγιο του 1700 και ταυτόχρονα να ανασυστήσουμε την διανομή της γης στη Βοστίστα την προτεραία της Βενετικής κατάληψης.
Στόχος του έργου είναι η δημιουργία μιας γεωγραφικής και θεματικής μονάδας τεκμηρίωσης για την Κρήτη, καθώς και η ψηφιακή ανάπτυξη της πρωτότυπης συλλογής πολιτισμικών πληροφοριών του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών.
Σκοπός του προγράμματος είναι η αναγνώριση της αρχαίας τοπογραφίας της εξουσίας μέσω της ανάλυσης των αρχαιολογικών πληροφοριών που φανερώνουν κάποιες ιεραρχικές σχέσεις στην Κρήτη κατά τη διάρκεια της Μέσης και Ύστερης Εποχής Χαλκού (2000-1200 B.C.).
Στο πλαίσιο αυτού του προγράμματος έχουν μικροφωτογραφηθεί τα οθωμανικά έγγραφα των μονών Σίμωνος Πέτρας, Σταυρονικήτα, Ιβήρων, Βατοπεδίου, Διονυσίου, Μεγίστης Λαύρας, καθώς και του Πρωτάτου στις Καρυές του Αγίου Όρους.
Στόχος του προγράμματος είναι η προώθηση και η ενίσχυση της γνώσης των αρχιτεκτονικών τύπων και της αστικής κληρονομιάς του 19ου και 20ου αιώνα στη Μεσόγειο, με σκοπό τη συνδρομή στην ανάπτυξή αυτής της γνώσης.
To έργο αφορά στη δημιουργία ενός Γεωγραφικού Συστήματος Πληροφοριών (G.I.S.), το οποίο περιλαμβάνει διάφορα επίπεδα πληροφοριών.
Το πρόγραμμα περιλάμβανε εντοπισμό, καταγραφή, φωτογράφηση και αξιολόγηση του αρχειακού υλικού, το οποίο διασώζεται σε ιδρύματα ή και ιδιωτικά αρχεία των κοινοτήτων της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κωνσταντινουπόλεως.